战双帕弥什的BOSS战分布在主线剧情关卡、常驻挑战方法幻痛囚笼、纷争战区、巴别塔，以及各类限时活动主题唯一任务关卡之中，不同类型的BOSS战对应不同解开条件和任务体系。

主线剧情内的BOSS战是推进剧情的核心节点，散落在各章节决定因素关卡任务内，例如前期章节的构造体型BOSS、后期主线登场的奇美拉等独特敌人，均为对应章节末尾或剧情转折节点的强制对战任务，完成该关卡击败BOSS即可推进主线流程，这类BOSS战无额外开始门槛，跟随主线任务推进即可自动解开，部分主线BOSS还会在后续常驻方法中作为可重复挑战目标出现。

幻痛囚笼和纷争战区是游戏内常驻周期性BOSS挑战任务，属于日常深度方法模块，指挥官达到指定等级即可解开。幻痛囚笼分为多个难度分区，包含普通、地狱、终极区，每个分区会轮换不同BOSS，对应独立的挑战任务，完成可获取觉悟、养成材料等奖励；纷争战区以多区域BOSS竞速挑战为核心，划分不同战区任务，考核输出效率和队伍组合，两类方法均需要组建适配属性的作战队伍，针对BOSS属性弱点组合装甲型、进攻型、辅助型机体，利用超算空间、QTE联动、信号球三消循环完成输出循环，同时规避BOSS阶段式爆发技能。

巴别塔系列属于高难定给挑战任务，作为限时放开的独特方法，每一期会设定唯一BOSS和词条机制，指挥官可自选难度词条提高挑战分数，完成对应分数段任务可解开黑卡、收藏品等奖励。该方法核心难点并非单纯数值对抗，而是词条带来的机制限制和队伍分配制度，多数情况下单个机体只能在单一大关运用，需要组合多套适配不同BOSS机制的作战编队，优先熟悉BOSS霸体、反超算、召唤物等核心机制，再规划输出和规避节拍。

各类限时版本活动主题同样会推出唯一BOSS战任务，例如疾速追缉、终末诗篇、冰心统合等活动主题，会放开独立的挑战关卡任务，部分活动主题BOSS战包含多难度梯度和星级考核条件，部分关卡提供试玩机体，无需养成唯一人物即可完成基础任务目标，这类BOSS战通常伴随限时奖励，需要在活动主题周期内完成对应挑战任务领取道具。