你会遇到多种类型的敌对势力和战斗挑战。主线任务按照故事务节分为多个章节，其内容不仅包含对话、收集，战斗更是核心环节其中一个。你需要击败任务中指定的敌人来推进剧情，这些敌人通常以海盗势力、游荡的太空实体或其他阵营的NPC舰队形式出现。章节的深入，你需要组建并强化自己的舰队来应对逐渐提高的敌人强度，完成战斗任务后通常需要返回提交才能获取经验值、货币或物品等奖励。

基地等级的提高和故事进步到特定阶段，主线任务会引导你接触更强大的敌人。在游戏中后期，你需要为据点扩张而和更强大的守卫力量交战，或者在特定的封锁、剿灭任务中，直面成规模的海盗舰队。这些敌人的配置更为精良，战斗力远超初期遭遇的散兵游勇，对你的舰队构成、武器组合和战略指挥提出了真正考验。击败他们是解开新功能和地图、获取顶级蓝图数据及稀有资源的决定因素。

主线任务的高潮部分往往伴和强大Boss的决战。这些Boss也许是盘踞在决定因素星域的大型空间站的守卫力量，也也许是古老遗迹中的未知强大实体。在征服顶级城市如拉格朗日五级城时，你将面对城内绝顶大的敌人，他们拥有特殊的优势和战斗机制，需要你仔细解析其弱点，并精心组织一支各方面能力均衡的策略团队。和这类Boss的战斗通常是主线剧情的重要节点，胜利后能带来巨大的成就感和丰厚的剧情推进奖励。

除了直接交战的海盗和守军，主线任务中你还需要应对来自环境和其他势力的间接威胁。在进行联络或寻觅任务时，任务目标点附近也许潜伏着敌对势力，你的舰队在非战斗情形下也也许遭到袭击。深入未知星域或古老的帝国废墟进行寻觅和情报收集时，本身就危机四伏，你也许会遭遇意料之外的伏击或触发防御机制，这些都可以视作主线剧情中动态的、环境性的敌人。

面对主线任务中纷繁复杂的敌人和Boss，合理的成长途径至关重要。前期紧跟主线更新基地和舰船，能确保你拥有应对当前阶段挑战的基础战力。你需要根据敌人的类型调整舰队的武器体系和舰船组合，利用每艘船可改装的配件体系进行特点化定制，以针对不同敌人的弱点。了解敌人的行动玩法、选择正确的攻击节拍、在战斗中保持良好的舰队协作，是战胜强大对手的通用法则。