三周目并非壹个独立的的最新章节，而是指在玩家彻底完成二周目全部剧情和任务后，从头开始的新一轮游戏进程。这轮游戏并非简单重复，它在继承二周目已解开的七岛地图基础上，扩充了新的寻觅目标和剧情任务，主要围绕着在分散的各个岛屿间寻找决定因素道具、解开谜题并捕捉新的稀有宝可梦展开，为追求收集和挑战的玩家提供了延续性的冒险内容。

开始三周目需要达成明确的前置条件。你必须确保二周目流程已彻底完结，这包括了击败联盟的新四大天王、完整寻觅七之岛并完成全部岛屿任务，最决定因素的红蓝宝石也需要找回并交付。完成这些后，游戏并不会自动弹出提示，而是需要你主动去推动剧情。壹个核心流程是前往大木博士研究所，当你收集的宝可梦达到特定数量后，大木博士会帮你将图鉴更新为全国图鉴（386版），这个更新是触发后续三周目新增剧情的决定因素钥匙，之后你便会发现新的冒险线索在等待你。

三周目的具体流程始于图鉴更新后前往港口乘船。你的第一站是1号岛的火焰山，在右侧山洞击败火箭队队员并解开岩石谜题后，可以取得红宝石，将其交还给特定NPC能换得畅行七岛的船票。之后你需要依次寻觅各个岛屿，如在4号岛的冰洞中，你需要小心应对双层冰面滑行机制，在深处取得登瀑布技能并战胜冰天王获取密码。在5号岛，则需要通过冲浪找到老人拿到波克比的蛋，并进入迷宫山洞收集道具。6号岛的核心是破解南部的石门机关，取回被火箭队夺走的蓝宝石。而7号岛和8号岛则隐藏着如安侬和传说宝可梦洛奇亚等捕捉机会。

三周目的整体尝试更侧重于解谜和寻觅。流程中新增了许多需要动脑的环节，例如获取密码、收集特定数量的道具来触发剧情，以及各种需要利用秘传技能如冲浪、登瀑布和怪力才能复杂地形。最终的挑战往往指给一些独特的宝可梦，例如在9号岛，你需要反复研究三角形装置直至其变红，从而引发地震并召唤出稀有的迪奥西斯进行捕捉。这些新增内容使得三周目在挑战性上比二周目虽然主线框架相似，但细节上的谜题和隐藏要素大大丰盛了游戏的可玩性。