三岛剧情是通关后的重要扩展内容，玩家需要完成一系列任务才能返回主地图。前往三岛后无法直接通过常规方法返回，必须按照特定流程推进剧情。决定因素流程包括：先在1号岛完成温泉山洞任务获取碎岩术，随后前往2号岛触发飞车党事件并解救小女孩，最后在3号岛的游戏厅交付陨石。只有完成这些任务后，研究员才会提供返程船票。

从1号岛开始，玩家需前往灯火山顶的温泉山洞，和内部的老爷爷对话获取秘传机06碎岩术。这一技能是后续推进剧情的必要工具。之后需乘船抵达2号岛，在果树森林深处击败飞车党并护送小女孩回到游戏厅。此处需注意，若未完成1号岛任务，2号岛的剧情将无法触发。任务经过中提议携带水系或草系宝可梦应对火山环境，同时确保队伍中有足够治疗道具。

3号岛的剧情核心是交付从1号岛获取的陨石。在游戏厅内将陨石交给小女孩的父亲后，他会回赠月亮石并激活返程条件。返回1号岛的PC中心和研究员的对话，体系会强制触发返航动画。三岛任务链中存在多个隐藏道具，如竞争背心和独特技能教学，提议在完成任务前充分寻觅各区域。

关于返程后的注意事项，当玩家回到主地图时，全部三岛的独特区域如灯火山和果树森林将保持可重复进入情形。游戏时刻体系会影响部分事件触发，提议在白天时段进行决定因素任务。存档机制在此阶段尤为重要，特别是在乘船过渡场景时需手动保存，避免剧情回退。完成三岛任务后，玩家可解开全国图鉴并开始神兽捕捉剧情，这是通关后内容的重要节点。