妙蛙种子作为初始三只宝可梦其中一个，可以在游戏开始时直接选择。玩家进入大木博士的研究所后，会看到桌上摆放着三个精灵球，从左到右依次是妙蛙种子、杰尼龟和小火龙。选择最左侧的精灵球即可获取妙蛙种子作为初始伙伴。需一旦做出选择，游戏经过中将无法更改初始宝可梦，除非通过和其他玩家交换或运用独特方式获取其他两只。选择妙蛙种子意味着前期游戏难度相对较低，由于其草/毒双属性在早期道馆战中表现优异。

如果有失了初始选择机会，在常规游戏流程中无法再次获取妙蛙种子。但在某些独特版本如火红386版中，玩家可以在常磐森林遇到野生的妙蛙种子。这类改版游戏调整了宝可梦的出现率，使原本只能通过初始选择获取的宝可梦变得可捕捉。捕捉野生妙蛙种子需要准备足够的精灵球，提议先削弱其体力至红色区域，再运用精灵球进行捕捉。妙蛙种子的等级通常较低，运用普通精灵球即可有效捕捉。

对于运用模拟器游玩的玩家，可以通过读取游戏存档回到初始选择阶段从头选择妙蛙种子。这种方式需要提前保存游戏进度，适用于想要尝试不同初始宝可梦的玩家。在官方版本中，若想获取其他初始宝可梦，必须通过和其他玩家交换。交换需要两台游戏机和两盘游戏卡带，操作相对复杂。模拟器玩家可以利用存档共享功能实现自我交换，但需注意游戏平衡性。

妙蛙种子的培养路线较为明确，7级时可学会催眠粉，13级掌握毒粉，15级学会突进，19级获取飞叶快刀。这些技能组合使其在游戏前期具有明显优势。草系技能对岩石系和水系宝可梦效果显著，毒系技能则能有效对抗妖精系。提议合理分配技能点，保留催眠粉和飞叶快刀作为主要战斗技能，这两个技能的组合能应对大多数早期战斗场景。

在游戏后期，妙蛙种子可进化为妙蛙草和妙蛙花，最终形态的种族值达到525，是可靠的队伍成员。进化后的妙蛙花能进修日光束等强力技能，但需要特别注意其四倍弱飞行系的特性。携带黑色污泥道具可以每回合恢复HP，弥补其速度较慢的缺点。和其他版本不同，火红版中的妙蛙种子无法通过独特事件重复获取，因此初始选择后需谨慎培养。

游戏机制决定了初始宝可梦选择的不可逆性，提议玩家根据个人喜好和战略需求慎重选择。妙蛙种子的优势在于平稳的游戏前期尝试和可靠的草系输出能力，适合偏好稳健打法的玩家。虽接着期也许被更强大的宝可梦替代，但其独特的技能组合和进化路线仍值得培养。对于收集型玩家而言，完成全图鉴需要和其他版本玩家交换或参和独特活动主题。