玩家首先会从真新镇开始游戏，这里是整个故事的起点。在真新镇，玩家需要从大木博士的研究所中选择初始宝可梦，包括妙蛙种子、杰尼龟和小火龙，根据属性相克原理，初始选择会直接影响后续战斗策略。完成选择后，劲敌小茂会立即发起挑战，帮助熟悉基础对战机制。玩家沿着1号道路给北行进，抵达常磐市。在这座城市中，玩家需要访问宝可梦中心恢复情形，接着到道具商店取得大木博士的包裹，带回真新镇后获取宝可梦图鉴和五个精灵球，正式开始图鉴收集和训练之旅。这些早期城市的寻觅为后续挑战奠定了重要基础。

从常磐市给左前进，玩家会进入常磐森林，这里栖息着虫系宝可梦和皮卡丘等稀有物种，提议提前准备解毒药和麻痹药以应对野外遭遇。穿过森林后抵达尼比市，这里是首个道馆挑战地，岩石系馆主小刚运用小拳石和大岩蛇，携带水系或草系宝可梦能有效克制其属性。战胜小刚后继续给东，经过月见山时会遇到火箭队成员并获取化石道具，随后到达华蓝市挑战水系道馆。华蓝市道馆馆主小霞以海星星和宝石海星为主力，运用电属性宝可梦可以快速取胜，同时记得在月见山收集月光石和奇怪糖果等有用物品。

在华蓝市完成挑战后，玩家可给右上路线前进，在25号路击败多名训练师后获取金珠，并解救被火箭队纠缠的正辉，获取枯叶市的船票后前往新区域。在枯叶市，电系道馆是重要关卡，馆内需要先调查垃圾桶找到两个隐藏开关才能开始对战，馆主马志士会派出雷电球、皮卡丘和雷丘，合理利用地面系或岩石系技能能占据优势。枯叶市还连接着圣安奴号游轮事件，在船上和训练师对战并获取道具后，进修秘传技能如居合斩，用于清除障碍物。枯叶市右侧道路会被卡比兽阻挡，需通过地鼠洞绕行，这些城市的布局往往隐藏着通往新地图的途径。

玩家从枯叶市出发后，会抵达彩虹市，这里以草系道馆著称，馆主艾莉嘉的宝可梦可用火系或飞行系克制。彩虹市中还能获取茶这一决定因素道具，用于和NPC互动解开后续剧情。紫苑镇以其特殊的精灵塔闻名，塔内开始无法正常战斗，需完成火箭队秘密基地任务后获取观测镜才能看清幽灵宝可梦。彩虹市的百货大楼和游戏厅提供了多种道具获取途径。玩家需注意城市间的连通性，例如通过地下通道或冲浪术到达新区域，这些设计增强了游戏寻觅的深度。

游戏后期玩家会寻觅玉虹市，这里设有超能系道馆，挑战前提议提高队伍平均等级。玉虹市还和七岛剧情相连，在完成主线后触发岛屿寻觅。浅红市作为毒系道馆所在地，玩家可运用超能系或地面系宝可梦应对。这些城市通常分布着高等级野生宝可梦和训练师，提议携带充足恢复物品。城市中的独特设施如回忆技能小屋和遗迹区域，需要通过推动岩石或运用碎石术等技能进入。合理规划路线能高效完成道具收集和剧情推进。